A Pesquisa Aquaviária CNT 2006 teve como propósito caracterizar os aspectos relacionados à infraestrutura portuária do país, identificar os gargalos existentes no sistema e apontar para possíveis soluções de curto, médio e longo prazos. O estudo focou na operação de portos marítimos e do transporte por cabotagem de carga geral.